As Irmandades da Misericórdia estiveram presentes nas principais cidades coloniais desde o século XVI. Mantinham hospitais de caridade que se estenderam aos alienados a partir da segunda metade do século XIX. Tais associações religiosas estavam sob a jurisdição dos governos proviniciais e  a eles prestavam contas. Em 1543, surge a primeira santa casa de misericórdia na cidade de Salvador, sendo que a falta de um tratamento físico e moral oferecido aos pacientes, as más condições de higiene e  os maus tratos, provocaram a mobilização de médicos como o francês  José Francisco Sigaud que fundou o primeiro jornal de medicina no Império, de título: " O propagador de Ciências Médicas" ou " Anais de Medicina, Cirurgia  e Farmácia" ( 1827-1828), o que contribuiu para a reunião de profissionais para a fundação da Sociedade de Medicina do RJ em 1829, tendo como eixo principal a medicina social. Especificamente, o curso médico surgiu no reinado de D. João VI sendo iniciado no Hospital Real Militar, onde fora posteriormente construído o edifício da Escola de Medicina da Bahia, criando-se também um curso no Rio de Janeiro. Em 1832, a Cadeira de Medicina Legal é dirigida pelo Dº José Martins da Cruz Jobim no Rio de Janeiro e na Bahia, por J.F. de Almeida, ambos tornando-se os pioneiros no pensamento sobre as enfermidades mentais.